François Bayrou à propos de la dépendance du parquet envers le garde des Sceaux, déclare : « Je ne suis pas le patron du parquet »

À l’inverse des magistrats du siège indépendants, ceux du parquet sont soumis au principe de la subordination hiérarchique. En effet, selon une ordonnance du 22 décembre 1958, « les magistrats du parquet sont placés sous la direction et le contrôle de leurs chefs hiérarchiques et sous l’autorité du garde des Sceaux ». Ils sont donc « unis par un lien hiérarchique dont la plus haute autorité est le garde des Sceaux » (François Molins, « Ministère public », Rép. Pénal Dalloz, 2014, n°8. Pour la subordination dans le recrutement et la discipline du parquet, voir n°34 à 39).

Le risque majeur d’une telle subordination hiérarchique est celui de pressions exercées par l’exécutif sur le parquet pour éviter le déclenchement d’une enquête ou au contraire pour accroître le zèle d’une enquête, notamment pour des enquêtes impliquant des personnalités politiques. Pour éviter cette dérive, la loi du 25 juillet 2013 a modifié l’article 30 du code de procédure pénale qui prévoit dorénavant que le ministre de la justice peut adresser « aux magistrats du ministère public des instructions générales. Il ne peut leur adresser aucune instruction dans des affaires individuelles ». Interdiction est ainsi faite au ministre de la justice d’interférer dans des affaires individuelles. Cependant, le respect effectif de ce texte est soumis à la pratique de chaque ministre qui doit s’astreindre à s’y conformer. Or, tant que lien de subordination hiérarchique sera maintenu, la suspicion que le garde des Sceaux pourrait interférer dans des affaires individuelles continuera de planer.